Gener 2 është ndër të vetme kompani në Shqipëri me një strukturë të mirëfilltë organizative, të ndarë në departamente dhe sektorë të caktuar të veprimtarive të biznesit, si edhe të organizuar me funksione të mirë caktuara. Gener 2 është organizuar në mënyrë të tillë, që të mbulojë të gjitha funksionet dhe të plotësojë më së miri nevojat e drejtimit të kompanisë.

Struktura e Gener 2 është një matricë me tre dimensione:

• Dimensioni i parë është ai i funksioneve të biznesit: Planifikimi – Mbështetja – Ekzekutimi – Kontrolli
• Dimensioni i dytë është ai i sektorit të biznesit: Ndërtim – Energji – Tregti – Shërbime
• Dimensioni i tretë është ai i hierarkisë menaxheriale: Udhëheqës – Drejtues – Menaxhues – Zbatues